どうやら Windows はパスの文字数が 260 文字という制限があるらしい。
が、それをレジストリで設定変更できる。ここを 1 にしたらよいとのこと。
\HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\FileSystem
LongPathsEnabled = 1
Pro やら Enterprise やらだとグループポリシーの設定が必要そう。
Local Computer Policy > Computer Configuration > Administrative Templates > System > Filesystem
Enable Win32 Long Paths
see: Long File Names?
そしてさらに git の設定が必要そう。
git config --system core.longpaths true